L’axe Maladies infectieuses et immunitaires regroupe des chercheurs fondamentalistes et cliniciens qui visent à mieux comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires de la pathogenèse microbienne ainsi que le processus inflammatoire et la réponse immunologique de l’hôte suite aux infections ou dans le contexte des maladies autoimmunes. Le but de ces travaux est de développer de nouveaux tests diagnostiques ainsi que de nouvelles approches préventives et thérapeutiques pour mieux contrôler les maladies infectieuses, inflammatoires et rhumatismales. Cet axe intègre plus spécifiquement les thématiques suivantes :

1. La recherche sur les facteurs de virulence et la pathogenèse des infections virales avec emphase sur le VIH-1/SIDA, les virus respiratoires (e.g. influenza et métapneumovirus), les virus herpétiques, et le virus de l’hépatite C ainsi que sur les réponses signalétiques et l’activation de l’hôte.
    
2. Les maladies parasitaires importantes pour la santé mondiale telles que les leishmanioses et la malaria avec emphase sur les interactions hôte-parasites, les co-infections, les mécanismes d’adaptation chez l’hôte en réponse aux stress intracellulaires, et l’identification des nouvelles cibles thérapeutiques à l’aide d’approches génomiques/bioinformatiques.
    
3. L’étude des mécanismes de résistance aux antimicrobiens et le développement d’outils diagnostics pour la détection rapide des infections, de leurs gènes de virulence et de gènes de résistance pour des meilleures interventions cliniques. 
    
4. Mécanismes de l'inflammation, telle qu'elle se manifeste dans la défense de l'hôte et au cours d'états aigus ou chroniques, comme l'arthrite et autres maladies auto-immunes.
    
5. La santé de l’os, et les maladies rhumatismales auto-immunes systémiques comme les arthrites débutantes, la polyarthrite rhumatoïde, et le lupus érythémateux disséminé.

Une de priorités de la recherche menée dans cet axe est de promouvoir le transfert des connaissances biomédicales vers la pratique clinique. Les chercheurs de cet axe font appel à des approches expérimentales à la fine pointe de la technologie comme les biopuces à ADN et à protéines, le séquençage de nouvelle génération, la bioinformatique, la protéomique, la microfluidique, la nanotechnologie, et la bioimagerie en temps réel. Le développement des nouvelles stratégies vaccinales et des nouveaux adjuvants pour optimiser la réponse immunitaire est également un domaine prioritaire de cet axe où des avancées importantes ont été déjà réalisées. Les chercheurs de l’axe ont contribué à la fois aux transferts technologiques, à l’économie de la région et à une meilleure prise en charge des patients.